「ナカノ人格移植研究所」は、周回型ミステリー2Dアドベンチャーゲームです。 それぞれの周回でプレイヤーが憑依する対象の登場人物を選択することで、その登場人物を主人公としてストーリーを進めながら謎を解き明かします。 プレイヤーは本ゲームの中で 4 つのパートを行き来しながらストーリーを進めます。 ノベルパートでは、クリックしながら物語を読み進めます。 探索パートでは、画面上のアイテムをクリックしながら物語を読み進めます。 移動パートでは、再度ビューでプレイヤーを操作し、船の中を探索します。 会議パートでは、他のパートで集めた手がかりを利用して他の登場人物と会話します。